Hoàng hậu: Princess Tōchi (十市皇女) (c. 648 – 678), con gái của Thiên hoàng Tenmu. Bà sinh ra người con là Hoàng tử Kadono (葛野王) (669–706)

Thứ phi: Fujiwara no Mimimotoji (藤原耳面刀自), con gái của Fujiwara no Kamatari, sinh ra công chúa Ichishi-hime (壱志姫王)

Thiên hoàng Kōbun còn có một người con trai là Hoàng tử Yota (興多王), không rõ mẫu hậu.